Уголовное дело об экстремистском сообществе против Алексея Навального и его сторонников возбудили в конце сентября 2021 года. Чуть позже к нему присоединили еще несколько дел, возбужденных ранее в отношении политика и нескольких ключевых фигур в его структурах: о финансировании экстремистской деятельности (ч. 1 ст. 282.3 УК), о легализации денежных средств, приобретенных другими лицами преступным путем (п. «б» ч. 4 ст. 174 УК), о создании некоммерческой организации, посягающей на личность и права граждан (ч. 2 ст. 239 УК), и о вовлечении несовершеннолетних в опасную деятельность (пп. «а», «в» ч. 2 ст. 151.2 УК). Дело по статье о мошенничестве (ч. 4 ст. 159 УК) из-за пожертвований Фонду борьбы с коррупцией объединять с другими не стали.
В заключении находятся экс-главы штабов Навального в Уфе, Барнауле и Томске Лилия Чанышева, Вадим Останин и Ксения Фадеева, а также сам Алексей Навальный. Остальные фигуранты за границей. Также из страны выехали бывшие координаторы нескольких штабов в других регионах. В июне 2023 года Чанышеву приговорили к 7,5 годам колонии, в октябре приговор утвердили. В конце июля Останина приговорили к 9 годам, приговор утвердили в сентябре. В декабре Ксении Фадеевой назначили девять лет колонии.
27 июля задержали выпускника и студентку ВШЭ Ивана Трофимова и Алину Олехнович. Пропагандист Владимир Соловьев заявил, что они были активистами «подпольных штабов Навального». Они находятся в СИЗО по делу об участии в экстремистской организации.
4 августа Навального приговорили к 19 годам колонии особого режима, в этот же день приговор — 8 лет — вынесли и бывшему техническому директору «Навальный LIVE» Даниэлю Холодному. Сроки утвердили в конце сентября.
13 октября суд арестовал адвокатов политика Алексея Липцера, Вадима Кобзева и Игоря Сергунина по статье об участии в экстремистском сообществе (ч. 2 ст. 282.1 УК). По версии силовиков, они, используя свой статус, передавали между информацию Навальным и командой ФБК. Еще один адвокат политзаключенного Александр Федулов 16 октября сообщил, что уехал из России из-за «необходимости корректировок» в дальнейшей защите политика.
При этом 9 июня 2021 года Мосгорсуд и так признал Фонд борьбы с коррупцией, Фонд защиты прав граждан (ФЗПГ) и штабы Алексея Навального «экстремистскими организациями». «Случай Чанышевой — фактически первое применение антиэкстремистского законодательства таким образом, что криминализируется не продолжение деятельности ранее запрещенной организации. Чанышеву собираются наказать за то, что она делала, когда штабы Навального еще действовали легально», — пишет журналист ОВД-Инфо Александр Литой.